被宝可梦抚养长大的少年可可。

这个夏天，宝可梦与人类之间新的牵绊诞生了。

在远离尘世的深处，有一处名为奥可雅森林的地方被严密的规矩守护着，是宝可梦们的乐园。一群顽固的宝可梦萨戮德在森林里结群而生。某天，它们在河边发现了一名被遗弃的人类的孩子。

有只萨戮德因于心不忍，违反森林的规矩私自给孩子取名为"可可"，离开原本族群带着可可一起生活。萨戮德养育可可的日子在不知不觉间过了10年。可可在奥可雅森林里邂逅了前来冒险的小智及皮卡丘。

可可第一次交到了人类朋友，不禁对自己到底是不是宝可梦产生了一丝怀疑。"爸爸，我真的是宝可梦吗?"自己究竟是宝可梦?还是人类?可可为此终日烦恼着。

突然有一天，一群不速之客的脚步声打破了森林里平静的每一天…